Né à Vienne en 1959, Wolfgang Doerner y étudie avec Karl Osterreicher, puis complète sa formation auprès de Sir Charles Mackerras, de Franco Ferrara et de Rolf Reuter.
En 1984, il remporte le Premier Prix du 34ème Concours International de Chef d'Orchestre de Besançon qui lui vaut de nombreuses invitations à diriger de grands orchestres en France, au Luxembourg, en Allemagne et en Autriche.
Wolfgang Doerner débute ainsi en 1985 à Vienne où il dirige de nombreux concerts, notamment dans le cadre du festival « Wiener Sommer » et, la même année, à Paris où il dirige l'Orchestre Philharmonique de Radio-France dans le cycle « Prestige de la musique ».
Il est nommé en 1987 directeur musical de l'opéra de Lübeck où il dirige de nombreux opéras ainsi que des concerts. L'année suivante, il fait ses débuts au Staatsoper de Vienne et y dirige Die Zauberflöte de Mozart.
Durant la saison 1988/1989, Wolfgang Doerner est l'assistant de Lorin Maazel, alors directeur musical de l'Orchestre national de France et dirige notamment Fidelio à Paris et la Damnation de Faust au Philharmonique de Londres.
Au début des années 1990, il est invité à Rome, aux USA et à plusieurs reprises à l'Opéra de Graz. Il fait ensuite ses débuts au Dresdner Philharmonie en 1995 et au Komischen Oper de Berlin où il dirige Der Freischütz de Weber. Certains de ses concerts ont été enregistrés à la radio ou à la télévision.
Curieux et disponible, Wolfgang Doerner dirige les créations d'oeuvres de ses contemporains (On peut citer les oeuvres de Leroux créées avec Pasdeloup).
Pédagogue inné, Wolfgang Doerner est très vite attiré par l'enseignement auquel il accorde beaucoup de son temps et a dirigé de nombreux orchestres de jeunes. Il enseigne actuellement à Graz.
Il entretient des liens étroits d'amitié avec certains orchestres en particulier avec l'Orchestre Pasdeloup qu'il dirige régulièrement depuis 1987.